Skip to content

Przedoperacyjny test diagnostyczny odróżniający łagodny od złośliwego raka tarczycy na podstawie ekspresji genów ad

1 miesiąc ago

753 words

Najpierw policzono ekspresję genów w nowotworach grudkowych przy użyciu seryjnej analizy ekspresji genów (SAGE) (17). SAGE zlicza znaczniki transkrypcyjne cDNA w dużych ilościach, umożliwiając identyfikację ograniczonego zestawu genów, które są silnie eksprymowane w jednej tkance i nie są wykrywalne w innym. Zliczanie transkryptów z FTC, FTA i normalnych bibliotek tarczycy było generowane i porównywane. Następnie oceniliśmy niezależne próbki FTA i FTC metodą PCR w czasie rzeczywistym dla potencjalnych genów zidentyfikowanych przez SAGE. Cztery z 17 genów różniły się między dwiema klasami: FTA i FTC. Ponadto opracowaliśmy predykator, który udowodnił, że dokładnie odróżnia FTA od FTC. Poziomy ekspresji dwóch genów zostały dodatkowo potwierdzone przez immunohistochemię. Markery te mogą ostatecznie poprawić diagnozę, aw konsekwencji leczenie pacjentów z guzami grudkowymi tarczycy i mogą odgrywać rolę w funkcjonalnych różnicach między gruczolakiem a rakiem. Wyniki Analiza SAGE. SAGE wykorzystano do analizy profilu ekspresji genu w normalnej tkance tarczycy, FTA i FTC. Otrzymano 359,478 znaczników, co stanowi 116 037 unikatowych znaczników transkrypcji. Używając współczynnika błędu sekwencji znaczników SAGE wynoszącego 6,8% (18, 19), oszacowaliśmy w sumie 108 746 unikalnych transkryptów, z których 10,048 zostało wykrytych co najmniej pięć razy, a 32 748 zostało wykrytych co najmniej dwa razy. Przeprowadzono dwa porównania przy użyciu oprogramowania SAGE 2000 w wersji 4.12: jednej pomiędzy normalną tarczycy i FTA, a drugiej między FTA i FTC. Poziomy ekspresji 305 genów były istotne statystycznie (wartość P = 0,0001), analizowane za pomocą oprogramowania SAGE do wykonywania symulacji Monte Carlo, jak opisano wcześniej (18). Trzydzieści siedem z tych transkryptów 305 było silnie eksprymowanych w bibliotece FTC, podczas gdy 36 transkryptów nie ulegało ekspresji w FTC, ale było wysoce ekspresjonowanych w FTA i bibliotekach prawidłowej tarczycy. Wśród tych 73 kandydatów geny o wartości P. 0,0001, w pierwszej kolejności rozważano te, które mają największe fałdy indukcji lub fałdowania w FTC. W związku z tym wybraliśmy 17 transkryptów do walidacji RT-PCR (dodatkowa tabela 1, materiał dodatkowy dostępny pod adresem http://www.jci.org/cgi/content/full/113/8/1234/DC1). Dwanaście transkryptów było silnie eksprymowanych w bibliotece FTC, a pięć ekspresjonowano tylko w FTA i bibliotekach prawidłowej tarczycy. Poziomy ekspresji tych genów w bibliotekach FTA i FTC wahały się od 43 do 10 razy. Tabela wymienia 17 genów i, dla porównania, poziomy transkryptów dla dobrze scharakteryzowanych genów dla prawidłowej fizjologii tarczycy. Tabela Ekspresja transkrypcji kandydujących FTA i markerów nowotworowych FTC z przykładami genów funkcji tarczycy. Ilościowy RT-PCR. Profile ekspresji genów w bibliotekach SAGE dla 17 transkryptów wykazujących największą różnicę między gruczolakiem a rakiem badano za pomocą ilościowego RT-PCR w niezależnym zestawie dziesięciu FTA, 13 FTC i ośmiu prawidłowych tkanek dopasowanych do pacjenta (Tabela 2). Najpierw porównaliśmy wyniki uzyskane przez SAGE z wynikami uzyskanymi za pomocą analizy RT-PCR dla próbek wykorzystywanych do generowania bibliotek FTA i FTC (przypadki 5 i 12, odpowiednio). Gdy użyto RT-PCR i oryginalnych próbek, 14 z 17 genów wykazało przewidywaną różnicę między FTA i FTC, a trzy nie. Tabela 2 Dane kliniczne i histologiczne pacjentów testowanych za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym Następnie, przy użyciu pełnego panelu próbek, zaobserwowaliśmy, że 9 z 12 transkryptów, które uległy nadmiernej ekspresji w FTC zachowało wysoką ekspresję w 50-100% testowanych FTC, w porównaniu z ekspresja tych samych transkryptów w FTA i dopasowanej do pacjenta normalnej tkance. DDIT3 (uszkodzenie DNA. Indukowalny transkrypt 3) i ARG2 (arginaza typu II) ulegały ekspresji na wyższych poziomach w FTC. Wzrost średniej ekspresji był co najmniej pięciokrotny w prawie wszystkich FTC, a niektóre wykazywały co najmniej 11-krotnie wyższe poziomy, zgodnie z przewidywaniami SAGE. Gen ITM1 (integralne białko błonowe 1) ulegało ekspresji we wszystkich FTC, z niskim poziomem ekspresji w sześciu FTA. Geny C1orf24 (niban) i ACO1 (akonitaza 1) ulegały ekspresji w 76% FTC, z niską, lecz wykrywalną ekspresją w 40% FTA. Hipotetyczne białko FLJ13576 wyrażono w 67% FTC iw dwóch przypadkach FTA (przypadki 6 i 8). Sześć genów nie odróżnia się dobrze: ODZ1, PCSK2 (subpilizy proproteinowej / keksin typu 2), DNASE2 (dezoksyrybonukleaza II, lizosom), LOC92196 (podobne do białka związanego ze śmiercią), PDK4 (kinaza dehydrogenazy pirogronianowej 4) i PPP1R14B (białko fosfataza 1, regulacyjna podjednostka 14B) wyrażono w 30. 69% FTC i w około 30. 40% FTA. Analiza wykazała również, że z pięciu przewidywanych genów specyficznych dla gruczolaka gen TARSH (cel Nesh-SH3) nie był wyrażany w większości FTC, ale był wyrażany na wysokich poziomach w normalnych tarczycy i FTA
[przypisy: psychoterapia na czym polega, diukowie hazzardu cda, peeling kawitacyjny przeciwwskazania ]
[przypisy: przeciwwskazania do mikrodermabrazji, diukowie hazzardu cda, outlet szczecin godziny otwarcia ]